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Seis meses após os acontecimentos de Yu-Gi-Oh! Duel Monster, Muto Yugi e seus amigos estão no último ano do ensino médio, conversando sobre o que vão fazer no futuro. Enquanto isso, Kaiba Seto deu a ordem para escavarem as ruínas da Câmara do Milênio a fim de recuperar o Enigma do Milênio desmontado. A relíquia já havia abrigado a alma de seu rival, Atem, que ele espera reviver para acertar as contas. A escavação foi interrompida por um homem que enfrenta Kaiba num jogo de Monstros de Duelo e rouba duas partes do Enigma recuperado. Qual é sua intenção? As apostas nunca estiveram tão altas. A rivalidade nunca tão feroz. Os riscos nunca tão grandes.